憨山大师在中国思想学术界也是一位杰出哲人，写了许多专著，如《大学、中庸直指》、《庄子内篇注》、《观老庄影响论》、《春秋左氏传四法》等。大师认为释、儒、道应该三教调和，共同发展，不应相互排斥。在学术思想以及宗教界门户之见很深的封建社会，憨山大师站得高，看得远，胸怀博大，充分展示了他作为一位伟大哲人的风范。 明天启三年（1623年）十月十一日，禅师世缘已尽，圆寂于南华禅寺，享年七十八岁，后人为师立塔于广东曲江县南华寺天子岗。大师的肉身法像现供奉于广东南华寺内。 本书《庄子内篇注》是憨山禅师注释《庄子内篇》的作品。